Oui, vous devez inscrire que vous voulez faire votre déclaration séparément de votre conjointe. 

 Si vous utilisez TurboImpôt en ligne, vous devez entrer le revenu de votre conjoint comme ceci :

Merci de choisir TurboImpôt.

J'ai trouvé mon problème, j'avais choisi "faire une déclaration pour quelqu'un d'autre", et dans ce cas là, il est impossible de faire une déclaration séparée entre conjoints. Le logiciel force la déclaration conjointe, ce qui était la source de tous ces problèmes.

La solution était simplement de "faire une déclaration pour moi même", puis de demander des déclaration séparées.

Je conseille à intuit de régler ce problème, ça m'a forcé à perdre des heures de travail (ouch !) et à tout recommencer du début. Turbo impôts manque de flexibilité à cet égard.