On a fait la déclaration comme couple marié. J'ai de montant à rembourser, mais ma conjointe a du montant dû. Est-ce ils vont faire le balance entre les deux?

Non, même lorsque vous remplissez une déclaration conjointe les déclarations pour vous et votre conjointe sont envoyées séparément.  

Vous allez avoir un numéro de confirmation différent pour vous de l'ARC et Revenu Québec et votre conjointe va également recevoir un numéro de confirmation de l'ARC et un différent de Revenu Québec.